Гомология моделдерин структуралык жактан баары чечиле элек байланыштуу протеиндердин ортосундагы тымызын айырмачылыктарды аныктоо үчүн да колдонсо болот . Мисалы, ыкма Na+/K+ АТФазадагы катиондорду байланыштырган жерлерди аныктоо жана ар кандай АТФазалардын байланышуу жакындыгы жөнүндө гипотезаларды сунуштоо үчүн колдонулган..
Гомология моделдери эмне үчүн колдонулат?
Гомологияны моделдөө - бул белоктун 3D түзүлүшүн аминокислота ырааттуулугунан аныктоо үчүн колдонулганэсептөө түзүмүн болжолдоо ыкмаларынын бири. Эсептөө структурасын болжолдоо ыкмаларынын ичинен эң такы болуп эсептелет. Ал жөнөкөй жана колдонууга оңой болгон бир нече кадамдардан турат.
Гомология моделдөө деген эмне жана ал эмне үчүн керек?
Гомологиялык моделдөө шаблон менен максаттуу ырааттуулуктун ортосундагы окшоштукка негизделген максаттуу белоктун үч өлчөмдүү түзүлүшүн алат жана бул ыкма мембраналык белокторду изилдөөгө келгенде эффективдүү экенин далилдейт. GPCR сыяктуу кристаллдашуу кыйын, анткени ал …
Гомология моделин кантип жасайсыз?
гомологияны моделдөө үчүн бир нече кадамдар бар
- максатыңыздын ырааттуулугу менен үлгү тандоо. Бул максатта бардык жеткиликтүү белок структураларына (PDBs) каршы BLASTp издөөнү жасай аласыз. …
- Шаблонду жана максаттуу ырааттуулукту тегиздөө. …
- Моделиңиздин сапаты. …
- Тактоомоделиңизге жараша.
Гомологияны моделдештирүү эмнеде?
Эгер эмпирикалык структурадан <=2 Å rmsd болгон "өтө ийгиликтүү гомология моделин" аныктасак, анда шаблон ийгиликке жетишүү үчүн максаттуу >=60% ырааттуулукка ээ болушу керек баа >70%. Атүгүл жогорку ырааттуулуктагы идентификацияларда (60%-95%), ар бир он гомология моделинин rmsd >5 Å vs. бар
